水产养殖基地是服务于水产专业教师与学生的进教学与科研基地。依托基地建设有国家现代农业产业技术体系黄鳝泥鳅种质资源保育基地，湿地生态与农业利用教育部工程研究中心水产生态养殖基地，湖北省黄鳝工程技术研究中心，湖北省黄鳝繁育与养殖技术重点实验室，长江大学黄鳝研究所。基地围绕特色淡水鱼类、虾蟹等水生经济动物的养殖繁育技术，建设有设施化的黄鳝流水养殖系统、温控繁育系统、微流水网格鳝苗培育系统、人工仿生态繁育苗种试验示范基地、池塘网箱养鳝试验示范基地、鳝-虾-稻生态综合种养试验示范基地等。承担水产养殖学科人才培养、科学研究、成果转化和社会服务的任务。

自2007年以来，主持承担包括国家支撑计划项目、国家公益性行业（农业）科研专项、中央引导地方科技发展专项、湖北省重大科技创新项目、湖北省科技支撑计划项目等国家级、省级项目16项，累积科研经费2800多万元。科研成果先后获得湖北省科技进步一等奖1项，湖北省科技进步二等奖2项，湖北省技术发明二等奖1项，湖北省科技成果推广二等奖1项，大北农科技奖创新二等奖1项，获得国家发明专利6项，出版著作4部，发表研究论文80余篇。

与湖北省12个市县水产管理部门和21家企业签定了产学研合作协议，基地负责人在合作企业建立了5个院士（专家）工作站，在水生经济动物方面的科研能力与服务水平得到了行业管理部门和合作企业的高度认可。基地以服务产业和地方经济为已任。